Двухкамерное сердце рыбы расположено в передней части тела. Система кровообращения самая простая: сердце нагнетает кровь в жабры; обогащенная кислородом, она поступает в различные органы тела, а затем снова в сердце, жабры и т.д.

Рот многих видов рыб снабжен зубами; зубы бывают не только на челюстях, но нередко и на небных костях, сошнике, языке. Зубы часто обновляются. У хищных рыб они обычно конусообразные, очень острые. Глотка, короткий пищевод и желудок эластичные. В задней части желудка может быть различное количество слепых выростов. Кишечник слабо дифференцирован на отделы, заканчивается анальным отверстием, расположенным перед анальным плавником. Вокруг кишок на брыжейках часто образуются жировые отложения. К внутренним органам рыбы также относятся печень, желчный пузырь, поджелудочная железа и селезенка.

Почки расположены под позвоночником, вдоль него. При потрошении рыбы почки легко принять за запекшуюся кровь. Мочевой пузырь расположен недалеко от анального отверстия.

Органы размножения — яичники у самок и семенники у самцов — имеют выводные каналы в половое отверстие. Из внутренних органов, кроме половых желез, только почки являются парными.